É uma das mais significativas coleções de arte sacra do país.
Este museu, que ocupa parte das antigas dependências monásticas, detém um espólio variado e composto, na sua maioria, por obras de arte que pertenceram à comunidade cisterciense do mosteiro.
Entre as peças mais antigas destaque, por exemplo, para uma imagem de S. Pedro, em Pedra de Ançã, obra do Mestre João Afonso, outra da Santíssima Trindade, também em Pedra de Ançã, e uma escultura de madeira pintada, todas do século XV.
Há relicários, em prata dourada, do século XVI, custódias do século XVIII e um variado conjunto de outros objetos de escultura, pintura, ourivesaria, mobiliário, faiança, entre outros, dispersos por diversas salas.
Existe uma sala dedicada a exposições temporárias.