Da primitiva igreja de Vila do Conde já não restam vestígios. Ficava no Monte de São João, onde se ergue o Convento de Santa Clara. Durante o regresso de uma peregrinação a Santiago de Compostela, em 1502, D. Manuel I ficou hospedado em Vila do Conde. De Arrifana de Santa Maria remeteu uma carta para a edilidade local com a planta e financiamento para o novo templo, indicando inclusive a criação de novos impostos para o efeito.
A torre tem uma estrutura maciça, pouco ornamentada e quase que excessivamente vertical. Sobressai no ritmo da frontaria. A autoria é atribuída a João Lopes, o Velho. Já o grandioso portal axial trilobado é obra de João de Castilho. Bastante ornamentado, tem contrafortes, de lado, e pináculos com cogulhos vegetalistas (pequeno elemento decorativo em pedra representando folhas estilizadas, de uso comum na arquitetura do estilo gótico). O modelo foi repetido no templo de Azuaga, perto de Badajoz. Este edifício tardo-gótico tem elementos manuelinos, barrocos e neogóticos e planta em cruz latina com três naves, transepto (galeria transversal, neste caso com duas capelas) e cabeceira saliente. No interior, o destaque vai para os retábulos, o púlpito e para a decoração das abóbadas de arestas das capelas.