Situado bem no centro da cidade, este museu assume a dupla missão de organizar uma exposição permanente de cariz interativo e de expor equipamento científico.
Alguns dos módulos são idênticos a outros que existem em centros de ciência europeus, outros foram concebidos e executados localmente, um pouco inspirados na abordagem aos centros interativos de ciência praticada pelo "Exploratorium" de São Francisco (EUA). Numa das salas está uma maqueta ferroviária alimentada por energia fotovoltaica, incentiva o uso de energias renováveis, e um labirinto de espelhos à imagem do existente no "Techniquest", de Cardiff.
Da Academia Real da Marinha e Comércio da Cidade do Porto, do Gabinete de Physica e Laboratorio Chimico da Academia Politécnica do Porto, do Laboratório de Física, Química e Mineralógico e Geológico da Faculdade de Ciências, ou seja das instituições que constituem as raízes da Faculdade de Ciências e da Universidade do Porto chegou até hoje este acervo que é constituído por instrumentos, aparelhos de investigação, modelos, estampas, cartas náuticas, esculturas e peças de mobiliário.
Fundado em 1996, o Museu tem realizado exposições temporárias e participado em exposições e iniciativas científico-culturais, com os seus próprios recursos ou em colaboração com outras instituições.